Най-важният въпрос при експлоатацията на всяка една АЕЦ е нейната безопасност. Този въпрос стана централен след аварията в японската ядрена централа във Фукушима.


ПРОТИВ: Скиците и чертежите са едно, реалността и реализацията на проекта е друго. При една евентуална авария АЕЦ "Белене" застрашава околната среда и здравето на хората за години наред.
В Източна Европа реда си чакат замразените планове за изграждане на 15 атомни реактори, но досега нито една банка не е посмяла да инвестира в подобни проекти, които са несигурни както икономически, така и технически и екологически. Белене ще бъде скъпа, опасна и неефективна. Отношението към сигурността не е на необходимото равнище, а проблемът с ядрените отпадъци изобщо не е решен.
ЗА: Специалистите, работещи в областта на безопасността на АЕЦ, са на мнение, че в Япония, която се намира в изключително активна земетръсна област, където освен това в резултат на цунами бреговете се заливат от вълни с височина 10 метра, строежът на АЕЦ трябва по принцип да се забрани.
В сравнение, що се отнася до безопасността случаят с АЕЦ “Белене” е съвсем друг. Този район не е земетръсен, цунами по принцип не може да има, а съвременните технически възможности за обезпечаване на безопасна експлоатация са изключително надеждни. Това го потвърждава, както опитът в АЕЦ “Козлодуй”, така и в атомните централи на ЕС. АЕЦ “Белене”, както е проектирана, отговаря на най-високите съвременни изисквания за безопасност -  поколение 3+.
Когато се обсъждат проблемите, свързани с безопасността на АЕЦ, неминуемо възникват въпросите, свързани със съхраняване на отработеното радиоактивно ядрено гориво. За тази цел се строят скъпи подземни съоръжения, в които се складират въпросните отпадъци. В случая с АЕЦ “Белене” в съответствие с договорените условия отработеното гориво ще се връща обратно в Русия и в България няма да се наложи да се строят специални хранилища. Това е едно много важно и изключително благоприятно обстоятелство за страната.